Структура рейтинга 2015 года, как и в предыдущие, сформирована из семи ключевых категорий: воздушная среда, транспорт, энергопотребление, водопользование, обращение с отходами, биотическая среда (растительный и животный мир), управление воздействием на окружающую среду.
Методика оценки деятельности регионов, разработанная совместно с компанией Эрнст энд Янг, учитывает международные рекомендации, в частности, соответствует критериям Организации экономического сотрудничества и развития (ОЭСР). В рамках рейтинга планируется также провести опрос общественного мнения жителей об экологической ситуации в городе. По словам главы минприроды РФ Сергея Донского, министерство рассматривает рейтинг как стратегический инструмент, способствующий совершенствованию природоохранной деятельности муниципальных властей. Кроме того, данный рейтинг имеет важное значение с точки зрения экологического просвещения населения.
Подготовка ежегодного экологического рейтинга крупных городов России осуществляется силами подведомственных учреждений Минприроды России и компании Эрнст энд Янг. Официальные запросы для сбора информации направляются во все субъекты Российской Федерации. Решение об участии тех или иных городов в рейтинге принимают администрации субъектов РФ. В рейтинге 2014 года приняло участие 94 города. Помимо столиц всех субъектов России, а также городов федерального значения, заявилось еще девять: Выборг, Глазов, Евпатория, Елец, Можга, Нефтеюганск, Раменское, Сарапул, Сургут. Первые места в экологическом рейтинге российских городов за 2014 год заняли Москва, Горно-Алтайск и Краснодар.