Свое название река получила двести лет назад от слова «шуш», которое у народов Хакасии означает род. Она вошла в одну из составляющих исторического музея-заповедника в поселке Шушенское. Общая площадь природного памятника составляет 780 га.
Главный объект охраны-река. Она впадает в Енисей, являясь его притоком. Свое начало берет в Саянских горах и течет по зонам лесостепи и тайги. У реки очень бурное течение, ширина составляет до 15 метров. К охраняемой зоне памятника примыкает берег шириной 50 метров. Здесь запрещена вырубка леса, любое строительство, применение химикатов и ядовитых веществ, обработка земель.