Как свидетельствует Энциклопедия Красноярского края, размещенная на сайте регионального правительства, название реки происходит от хакасского слова «кизир» – «режущий». В верховьях река протекает в каньоне, прорезая очень узкий, шириной всего три-пять метров, проход среди скальных берегов. Кизир берет начало в районе озера Междуречное, расположенного в центральной части Восточного Саяна. В верховьях протекает в узкой долине и довольно порожиста. Самым красивым порогом считается Семеновская шивера, особенно ее первая ступень Баня. В нижнем течении Кизир распадается на рукава.
Река считается сплавной. В числе крупных притоков Кизира – река Кинзелюк, в верховьях которой расположен очень большой водопад, речки Березовая, Ничка, Шинда, Джебь. Все они правобережные, крупных левобережных притоков Кизир не имеет. Первые скудные сведения о Верхнем Кизире сообщил в конце XVIII века российский пограничный комиссар Егор Пестрев. Следующим за ним по времени был топограф Большой Сибирской экспедиции Императорского Русского географического общества Иван Крыжин, прошедший по периферии Кизирского бассейна в 1858 году и видевший гольцы Казыр-Кизирского междуречья с пиков верховий реки Уды.
Целью экспедиции было изучение пограничных территорий с Китаем. В планы экспедиции входило исследовать территорию между Иркутском, реками Леной, Витимом, частью Яблонового хребта, южной пограничной линией страны, обнимающей западную часть Забайкальской области и восточную Иркутской губернии, а также Даурию и Амурский край. В 1858 году Крыжин выполнил первую топосъемку центральной и восточной части Восточного Саяна. В пути он был с 11 июня по 7 сентября, пройдя без карты несколько тысяч верст. В ходе его похода были уточнены высоты гор, расположение хребтов и долин, определена вертикальная граница распространения леса, снеговая линия, обнаружены следы древнего оледенения. На территории края проводились топографические съемки и наблюдения над климатом, растительностью и животным миром, собрано около 60 образцов минералов.
В двадцатых годах прошлого века. хребет в Восточном Саяне, прежде именовавшийся хребтом Святого Иннокентия и Кизир-Казырским хребтом, был назван хребтом Крыжина. Несколько лет спустя, по пути Крыжина прошли несколько экспедиций. Вот воспоминания одного из участников: «КизирКазырский район… в смысле его трудной доступности может быть сравним разве только с приполярными частями Сибири, именно с ее северо-восточной частью». Перед войной на Кизире и прилегающих хребтах работали геодезисты под руководством Григория Федосеева, книга которого «Мы идем по Восточному Саяну» стала путеводной на кизирском маршруте. Раньше Кизир использовался для сплава леса. Ради этого в пятидесятых годах прошлого столетия предпринимались попытки взорвать первый порог реки.
В настоящее время Кизир привлекает рыбаков и туристов, которые используют заброску в верховья реки для дальнейшего продвижения к таким объектам, как пик Грандиозный, Кинзелюкский водопад, ледник Стальнова и др. На реке Кизир известна древняя писаница «Усть-Кизирская», которая датируется XVIII—XIII вв. до н. э., расположена она на скале в месте слияния Кизира и реки Казыр. Открыта она была в 1948 году. На скале нарисованы две окуневские личины и неясные фигуры.
